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相比于公司制私募股权基金，有限合伙制私募股权基金Zui大的特征是有效避免了双重征税，其本质上还是合伙企业。国家层面先后涉及合伙企业税收的主要法规有：1、《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发[2000]16号)；2、《财政部、国家税务总局关于印发<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>的通知》(财税[2000]91号)》；3、《国家税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知(国税函(2001)84号)》；4、《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知(财税[2008]159号)》(以下简称“159号文”)。
一、有限合伙基金层面税收
《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发[2000]16号)主要规定为：其主要规定为：从2000年1月1日起停止对合伙企业征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。16号文在国家法规层面上，首次确立了合伙企业不征收企业所得税的原则。
《合伙企业法》第6条规定：“合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定你给，由合伙人分别缴纳所得税。”
159号文第二条进一步规定：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
合伙企业因不具法人地位，不是独立的纳税单位，故在税法上无需缴纳所得税。合伙企业的所得或损失，全部传递到合伙人层面。通过上述规定可见，有限合伙制私募股权基金实行的是“先分后税”的原则，即在基金层面不需缴纳企业所得税，而是由基金的合伙人在取得分成收益时分别纳税，避免了公司制私募股权基金存在的“双重征税”问题。
二、合伙人层面征收所得税
有限合伙制私募股权基金本身并非所得税的纳税主体，因而有关其所得税问题主要考虑其投资人(即基金普通合伙人GP和有限合伙人LP)从基金取得收入时的税务处理。
在分析合伙人如何缴纳所得税时，应当注意区分合伙人取得收入的类型。合伙人取得收入的类型不同，适用的税目和税率也会不同。具体说来，有限合伙制私募股权基金的收入主要原则两大类：
（一）从被投资企业取得的股息、红利等权益性投资收益
在这种收入类型下，因合伙人的种类不同，在纳税上也有所差别。
1、合伙人为机构投资者的，应就该部分收入缴纳企业所得税。这也是159号文的直接规定，“合伙人是法人或其他组织的，缴纳企业所得税。”
但也有观点认为，根据合伙企业“透明体”的特点和税法原理，其收入在分配给合伙人时法律性质应当维持不变，因而机构投资者取得的该部分收入属于《企业所得税法》第二十六条第一款第(二)项所述的“符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益”，应当依据该条规定免征企业所得税。至少目前来看，这种观点很难在实践中行得通。
