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有限合伙企业与公司制企业相比，在适用税收政策上有着显著区别。
一、有限合伙企业与公司制企业组建时的会计与税收问题
1. 有限合伙人投资后的会计核算方法
有限合伙人投资于有限合伙企业后，即按占伙比例在合伙企业占有相应份额，此时，有限合伙人在账面上如何进行财务处理?我国《企业会计准则》和会计制度中未作明确规定。如果记入“长期股权投资”科目，显然不妥，因为有限合伙企业不存在股份和“股权”问题。记入“长期应收款”等作为普通债权性资产也属不当，因为《合伙企业法》中规定，合伙人在合伙企业清算前，一般不得请求分割合伙企业的财产。投资以后，对于投资的核算方法存在权益法与成本法之间的选择问题，基于合伙企业的特性及谨慎原则，应采用成本法。这种核算方法也贴近《合伙企业法》中规定的控制权、管理权条款：有限合伙人不执行合伙事务，不得对外代表有限合伙企业。
2. 非货币性资产出资时的视同销售问题
投资人对被投资企业投资，既可以采用货币出资方式，也可以采用非货币性资产出资方式。投资公司制企业时，不得以劳务出资。《合伙企业法》第六十四条规定：“有限合伙人可以用货币、实物、知识产权、土地使用权或者其他财产权利作价出资。有限合伙人不得以劳务出资。”普通合伙人可以用劳务出资，其评估办法由全体合伙人协商确定并在合伙协议中载明。不同的投资方式下，相应产生了非货币性资产投资的视同销售问题，以及接受投资资产的计税基础问题。
（1）非货币性资产投资的视同销售问题。
《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发〔2000〕118号）规定：“除符合条件的整体资产对外投资外，企业以非货币性资产对外投资应分解为按公允价值销售非货币性资产以及按资产公允价值对外投资两项业务处理。”相应地，接受投资的企业，其资产入账价值和计税基础也为公允价值。新《企业所得税法》实施后，原规定的计税原理和办法在新税法中得以延续。对于有限合伙人以非货币性资产投资于合伙企业，依照新《企业所得税法实施条例》第二十五条“企业发生非货币性资产交换应视同销售”的规定，其资产增值部分也应作视同销售处理。依据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号）、《个体工商户个人所得税计税办法（试行）》（国税发〔1997〕43号）的规定，合伙企业接受投资资产计税基础应为公允价值。当投资人是公司制企业时，以非货币性资产投资于另一公司制企业或有限合伙企业时的有关税收政策是一致的。
下面再来分析投资人是自然人时的情形。《国家税务总局关于非货币性资产评估增值暂不征收个人所得税的批复》（国税函〔2005〕319号）规定：“考虑到个人所得税的特点和目前个人所得税征收管理的实际情况，对个人将非货币性资产进行评估后投资于企业，其评估增值取得的所得在投资取得企业股权时，暂不征收个人所得税。在投资收回、转让或清算股权时如有所得，再按规定征收个人所得税，其‘财产原值’为资产评估前的价值。”该文出台的背景是针对自然人投资公司制企业，但也可适用于投资合伙企业。
（2）关于劳务出资问题。
如果普通合伙人以劳务出资，参照国税函〔2005〕319号文的精神，其评估价值也不应视同销售。被投资企业能否确认一项资产?不可，因为这不符合《企业会计准则》中对资产的定义——资产是企业拥有或者控制的能以货币计量的经济资源。相应地，也不存在可抵减未来应税所得的资产计税基础。
