无纸化通关是利用中国电子口岸及现代海关业务系信息化系统功能，改变海关验核进出口企业递交书面报关单及随附单证办理通关手续的做法，直接对企业联网申报的进出口货物报关单电子数据进行无纸审核、验放处理的通关模式。
以往企业报关前须到检验检疫部门业务现场申领纸质通关单后才能向海关报关。实现通关单无纸化以后，申领纸质通关单这一环节节省了，法检商品的进出口通关作业环节简化，企业往返通关现场的次数减少，通关效率进一步提高，企业通关成本随之降低。
从4月23日起办理出口货物通关的企业和部分进口货物的试点企业，如货物需法定检验检疫的，可先将通关单申报电子数据发送给检验检疫，审核无误后，检验检疫将通关单电子数据发送给海关。企业向海关电子申报后，海关电子通关系统将报关单和通关单的电子数据进行自动比对，办理相关通关放行手续，并将验放指令通过网络回执告知企业和港务、机场，企业收到回执后即可办理出运和提货手续。从申报到放行全程无须递交纸面通关单。
