1991年苏联解体,俄罗斯成为苏联法律和国际条约的继承者。由于东北航道独特的地理位置,基本由俄罗斯主宰和管辖。基于这些变化,东北航道管理机构又重新隶属于俄罗斯运输部之下的海洋运输部。俄罗斯积向国际社会推介东北航道,希望东北航道的开通能够给当时度萧条的俄罗斯经济发挥刺激作用,将其作为复兴俄罗斯经济的手段之一,并联合挪威、日本展开了为期六年的研究。但因为当时恶劣的航行状况和俄罗斯索取高额的"买路钱",东北航道未能引起国际社会的关注。苏联解体后,俄罗斯在黑海已经失去了重要港口,在波罗的海又受到西方的牵制,把注意力注于东北航道上,甚至比苏联时代更加重视。