1937年"八·一三"淞沪战役爆发后,震旦大操场西北隅搭建难民收容所,收容难民2千多人,大礼堂开办临时伤兵医院,收治伤员14l0人。还将新楼一部分供给交通大学。
1938年,被震旦大学选派赴法国巴黎大学牙医学院进修3年并留比利时的牙医系首届校友沈国祚医生回国主持牙医系工作,1940-1951年任震旦大学医学院牙医系系主任兼广慈医院牙科主任,是牙医系的实际创始人和当时震旦大学唯一的中国人担任的系负责人。
1938年9月,震旦大学开始收录女生,年15人;至1949年,有女生157人,其中天主教徒65人。
1945年3一8月,日侵占震旦西院大楼,直至战败投降。
1947年,增设文学院,由巴黎大学文字学博士、徐汇中学校长、中国神父张伯达兼任院长。1948年夏改称文理学院,实际只设中国文学一系,当时聘请了上海学者任教,如钟泰、施蛰存、朱雯、唐弢、周子美、王元化、贾植芳、程石泉、何满子、钱钟书、赵国材、黄朴等人。1948年,牙医学系改称牙医学院。