1905年8月,震旦复校,规定为两年制,南从周仍为教务长。入学人数1905-1906学年为94人,1906-1907学年达到172人。
1907年10月8日,震旦学生因纪念孔子诞辰,在校内张灯结彩。此举被天主教神父视为迷信,遭到制止。部分学生因而罢课离校。
1908年,由耶稣会接办的震旦学院拟定迁址前往卢家湾建新校舍,马相伯仍以办学为重,不计前嫌,捐现金4万大洋,为震旦购卢家湾地基103亩,当时地价每亩400元,又捐公共租界和法租界地基8,当时约值现金10余万元,马相伯将全部家产都捐给了震旦。震旦学院迁至卢家湾吕班路(今重庆南路)之后,耶稣会任命法藉教士韩绍康(H.A11ain)为院长。韩把预科、本科共4年的肆业期改为6年,设文、理两科,授予毕业生学士学位,参照欧洲大陆学制,开始走上正式大学(Université)办学的轨道。教师多为教士,少数为翰林、举人,讲授均用法语。