1950年,因国家急需大批口腔医务人员,牙医学院复称牙医学系,学制从六年制改为四年制。
1951年2月1日开始,所有传教士退出学校,天主教会停止拨给震旦大学经费。
折叠院系调整及后续
1951年8月14日,华东政委员会教育部批准成立震旦大学、震旦女子文理学院合校委员会及其名单,胡文耀、王国秀为正、副主任。9月,震旦女大(包括文理两个学院7个系科)并入震旦大学。12月21日,成立了由校院导、工会代表和学生代表十多人组成的校务委员会;校务委员会逐渐掌握了学校的实权,校董事会对学校的控制力度随之减弱。同年,据华东管会高教指令,将司徒博医师主办的上海牙医校并入震旦大学医学院牙医学系。